情形一  一般纳税人注销时留抵税额的处理

一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。

情形二  一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款且有留抵税额时的处理

增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可按照《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发〔2004〕112号)的规定，用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。

用增值税留抵税额抵减查补税款欠税相关账务处理如下：

纳税人发生用进项留抵税额抵减增值税欠税时，按以下方法进行会计处理：

1.增值税欠税税额大于期末留抵税额，按期末留抵税额红字借记“应交税金----应交增值税(进项税额)”科目，贷记“应交税金----未交增值税”科目。

2.若增值税欠税税额小于期末留抵税额，按增值税欠税税额红字借记“应交税金----应交增值税(进项税额)”科目，贷记“应交税金----未交增值税”科目。

情形三  发生资产重组时增值税留抵税额的处理

增值税一般纳税人(以下称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。

情形四  增值税一般纳税人转登记为小规模纳税人时留抵税额的处理

转登记纳税人尚未申报抵扣的进项税额以及转登记日当期的期末留抵税额，计入“应交税费—待抵扣进项税额”核算。

尚未申报抵扣的进项税额计入“应交税费—待抵扣进项税额”时：

1.转登记日当期已经取得的增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，应当已经通过增值税发票选择确认平台进行选择确认或认证后稽核比对相符;经稽核比对异常的，应当按照现行规定进行核查处理。已经取得的海关进口增值税专用缴款书，经稽核比对相符的，应当自行下载《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》;经稽核比对异常的，应当按照现行规定进行核查处理。

2.转登记日当期尚未取得的增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，转登记纳税人在取得上述发票以后，应当持税控设备，由主管税务机关通过增值税发票选择确认平台(税务局端)为其办理选择确认。尚未取得的海关进口增值税专用缴款书，转登记纳税人在取得以后，经稽核比对相符的，应当由主管税务机关通过稽核系统为其下载《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》;经稽核比对异常的，应当按照现行规定进行核查处理。

情形五  增值税期末留抵税额退税时的处理

(一)自2019年4月1日起，试行增值税期末留抵税额退税制度。同时符合以下条件的纳税人，可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额：

1.自2019年4月税款所属期起，连续六个月(按季纳税的，连续两个季度)增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于50万元;

2.纳税信用等级为A级或者B级;

3.申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形的;

4.申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上的;

5.自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返(退)政策的。

(二)自2019年6月1日起，同时符合以下条件的部分先进制造业纳税人，可以自2019年7月及以后纳税申报期向主管税务机关申请退还增量留抵税额:

1.增量留抵税额大于零;

2.纳税信用等级为A级或者B级;

3.申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形;

4.申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上;

5.自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返(退)政策。